ゲノム疫学

成立の背景

高スループットシーケンシングの技術進歩とコスト低下により、ゲノム配列解析が従来の微生物同定手法と統合され、病原体サブタイプを高い解像度で識別できるようになった。分離株の全塩基配列を読むことで、1株のゲノム配列そのものをサブタイプとみなしうる水準に達している。

手順

まず病原体分離株ゲノム間の類縁関係を系統樹などで推定し、そこに地域、患者の性別、薬剤耐性プラスミドの有無といった疫学変数を重ね合わせる。

利点

利点はサブタイピングにとどまらない。核酸に基づく網羅的な病原体解析であるため、進化生物学、集団遺伝学、比較・機能ゲノミクスといった成熟した分野と統合できる点にある。